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生态学研究最主要的缺点就是容易产生生态学谬误，混杂因素难以控制，又因为暴露水平或疾病的测量准确性相对较低，且暴露或疾病因素是非时间趋势设计的，其时序关系不易确定，故其研究结果不可作为因果关系的有力证据。